Το 2ο Δημοτικό σχολείο Ρεθύμνης ιδρύθηκε ως 4/ξιο Παρθεναγωγείο με το υπ’ αριθμ. 11/ΦΕΚ 87/7-10-1899 Δ/γμα της Κρητικής Πολιτείας. Το σχολείο κατά καιρούς στεγαζόταν στα Διδακτήρια των Δημοτικών Σχολείων δίπλα στον Ιερό Ναό της Αγίας Βαρβάρας ( έως 1917) και στα κτίρια των «Τούρκικων Σχολείων» μέχρι το 1932 .
Κατά τα έτη 1930-32 με Πρωθυπουργό τον Ελευθέριο Βενιζέλο και Υπουργό Παιδείας το Γεώργιο Παπανδρέου χτίστηκε η μία πτέρυγα επί οικοπέδου περίπου 3.700 τ.μ. και το σχολείο απέκτησε δική του στέγη στο κέντρο του Ρεθύμνου και επί της Λεωφόρου Κουντουριώτη.
Στις αρχές της δεκαετίας του ’80 χτίστηκε και η νέα πτέρυγα , παίρνοντας έτσι το σχολείο τη σημερινή του μορφή. To 2006 χτίστηκε η τρίτη πτέρυγα του Σχολείου ολόκληρώνοντας την μορφή του Σχολείου. Στο σχολείο σήμερα υπάρχει επιπλέον αίθουσα πολλαπλών χρήσεων με αμφιθέατρο μεγάλης χωριτικότητας, εργαστήριο πληροφορικής, βιβλιοθήκη, τραπεζαρία για φαγητό των μαθητών που μένουν στο Ολοήμερο Τμήμα, και επιπλέον αίθουσες διδασκαλίας. Ανήκει στα 800 πιλοτικά Σχολεία με ανανεωμένο πρόγραμμα όπου διδάσκονται επιπλέον μαθήματα πληροφορικής, εικαστικών, θεατρικής αγωγής, μουσικής αγγλικών κτλ
Το 2ο Δημοτικό Σχολείο Ρεθύμνου είναι σήμερα 12/θέσιο με 340 περίπου παιδιά και λειτουργεί με 16 τμήματα. Το προσωπικό του Σχολείου μαζί με τις ειδικότητες είναι αποτελείται από 34 εκπαιδευτικούς. Πραγματοποιούνται προγράμματα: ΜΕΛΙΝΑ , Πληροφορικής, Θεατρικού Παιχνιδιού, Αγωγής Υγείας, Διευρυμένου Ωραρίου και Δημιουργικής Απασχόλησης, Ενδοσχολικής Επιμόρφωσης κ.ά.
